In diesen Jahren kämpfte der SC Holligen 94 mit unterschiedlichem Erfolg. Gute Klassierungen konnten bei den Junioren und den Aktiven verzeichnet werden. Den A-Junioren gelang in der Saison 97 unter der Führung von Gerardo Ginardi der Aufstieg in der Meistergruppe. Aber auch der Abstieg der ersten Mannschaft in die 4. Liga musste verkraftet werden. 
  
Von 2000 bis Ende Saison 2003 trainierte Hans Schüpbach die 1. Mannschaft. Unvergessen bleibt die Saison 2000/2001, in welcher dem Fanionteam nach durchgehend glanzvollen Leistungen der direkte Wiederaufstieg in die 3. Liga gelang. In der Saison 2001/2002 stieg die Mannschaft leider wieder ab. Die Enttäuschung war gross, doch positiv war, dass alle Spieler den sofortigen Wiederaufstieg schaffen wollten. 
  
Im Jahr 2002/2003 zeigte die erste Mannschaft in der 4. Liga eine sensationelle Leistung. Ab dem zweiten Spieltag stand sie ununterbrochen an der Tabellenspitze und der Wiederaufstieg gelang. 
  
Nach diesem Wiederaufstieg beschloss Trainer Hans Schüpbach zurückzutreten. Als Nachfolger engagierte der Vorstand Rolf Rietmann. Die 1. Mannschaft spielte in der Vorrunde gut, doch die Chemie zwischen Rietmann und den Spielern stimmte nicht. Die Mannschaft holte den 7. Rang und man verabschiedete sich von Rolf Rietmann.

Der Verein musste für die Saison 2004/2005 auf Trainersuche gehen. Einen neuen Trainer zu finden ist recht anforderungsreich. Ein Kandidat nach dem anderen sagte ab und musste von der Liste gestrichen werden. Doch dann brachte Roberto Grassi einen bisher unbekannten Namen ins Spiel: Kurt Bischoff. Kurt sagte zu und übernahm die Mannschaft mit viel Energie und Ehrgeiz. Diese Eigenschaften übertrugen sich in kurzer Zeit auf das Team. Unter diesen guten Voraussetzungen und mit viel Einsatz klassierte sich die 1. Mannschaft im ausgezeichnete 4. Schlussrang, welcher gleichzeitig die bisher beste Platzierung bedeutete. Trotzdem verliessen nach Saisonende einige gute und wichtige Spieler den Verein, sie wollten ihr Fussballglück in höheren Ligen herausfordern. 
  
Für die Saison 2005/2006 konnten keine neuen Spieler gefunden werden, die die Abgänge hätten kompensieren können. So musste die Mannschaft um einiges geschwächt in die neue Saison. Trotzdem holten sich Trainer Bischoff und seine Jungs den 10. Schlussrang. Auf Ende dieser Saison gab Küre sein Amt aus privaten Gründen ab. Die Mannschaft und der gesamte Verein bedauerten seinen Entscheid sehr. Er hinterliess im Verein aber einen bleibenden guten Eindruck. 
  
Dem Nachfolger, Salavatore Galeno, waren somit nicht gerade optimale Voraussetzungen beschert, die es ihm nicht leicht machten in die Fussstapfen von Kurt Bischoff zu treten. Er hatte es dann tatsächlich nicht einfach. Die Mannschaft liess ihn nicht an sich heran, sie war für ihn nahezu unerreichbar. Der neue Trainer engagierte sich sehr und suchte mit dem Team den Erfolg. Doch die Mannschaft verweigerte sich ihm. Nach nur einem halben Jahr, nach Abschluss der Vorrunde, warf Galeno das Handtuch. Im Winter übernahm Giampiero Matiz, ein SC Holligen 94 Urgestein, die Mannschaft und sicherte dem Verein mit dem 9. Schlussrang den Klassenerhalt. 
  
Während diesen eher turbulenten Jahren, mit dem anhaltenden Kommen und Gehen der Trainer der Fanionequipe, machte die 2. Mannschaft sehr positiv von sich reden. Im Sommer der Saison 2006/2007 trat Roberto Campanielli sein erstes Amt als Trainer einer Aktivmannschaft an und nahm dabei alle seine bisherigen B-Junioren mit in das Team der 5. Liga. In der Vorrunde mussten Trainer und Mannschaft viel Lehrgeld bezahlen und kassierten eine Niederlage nach der anderen. In der Winterpause bereitete sich die Mannschaft mit viel Training und Einsatz für die Rückrunde vor. Keine Niederlage und der 5. Schlussrang waren der Lohn für die starken Leistungen. 
  
In der Saison 2007/2008 durften die Mannschaft und Roberto endgültig die Früchte der gemachten Erfahrungen ernten. Sie konnten ihre Leistungen weiter steigern und erreichten den Aufstieg von der 5. in die 4. Liga. Damit war die Erfolgsstory der 2. Mannschaft aber noch nicht beendet. Nach einer tollen Saison mit super Leistungen, die alles andere als selbstverständlich waren, schaffte sie den Gruppensieg in der 4. Liga und den direkten Durchmarsch nach oben in die 3. Liga. 
  
Während diesen beiden Jahren kämpften Giampiero Matiz und die 1. Mannschaft mit grossem Einsatz und Willen um den Verbleib in der 3. Liga. Verletzungen und viel Pech in den Spielen führten immer wieder zu Rückschlägen. Trotzdem klassierten sie sich auf dem 9. Schlussrang. In der Saison 2007/2008 lief es weiterhin nicht rund. Coach Matiz standen immer weniger Spieler zur Verfügung. Dies führte zu ständig wechselnden Aufstellungen und ein geordneter Trainingsbetrieb konnte auch nicht aufrechterhalten werden. Spieler aus der 2. Mannschaft mussten immer wieder mal aushelfen. Zum Saisonende konnte trotz all den Widrigkeiten wiederum der 9. Platz erreicht werden. 

Ende Saison 2007/2008 stand der Verein also mit zwei 3. Liga-Mannschaften zu Buche. Die Zeit schien gekommen, frischen Wind in unseren Verein zu bringen. Der Vorstand lud alle Trainer und Captains der Aktivmannschaften zu einer ausserordentlichen Vorstandssitzung ein. Wie viele andere Vereine hatte der SC Holligen 94 sehr damit zu kämpfen, seine Mitglieder für ein Engagement in der Vereinsarbeit zu gewinnen. Insbesondere junge Vereinsmitglieder schienen sich nicht dafür zu interessieren. Als Folge der ausserordentlichen Vorstandssitzung entschied sich eine Truppe aus jungen und motivierten Vereinsmitgliedern alle Vorurteile Lügen zu strafen, Verantwortung für den Verein zu übernehmen und neue Ideen einzubringen. Nach vielen gut geführten Gesprächen entschied sich die ältere Garde im Vorstand ihre Ämter abzugeben und den Jungen Platz zu machen. An der Hauptversammlung im Juni 2008 votierte die Mehrheit der Vereinsmitglieder für diesen signifikanten Generationenwechsel. Zum neuen Präsidenten wurde mit Kurt Bischoff der Mann gewählt, mit welchem wir sportlich das bisher beste Ergebnis in der Geschichte des SC Holligen 94 erreichten. Der bisherige Präsident Ernst Kurt und insbesondere der langjährige Spiko Pesche Blank wurden für ihre grossen Verdienste und ihr aussergewöhnlich starkes Engagement für den SC Holligen 94 mit einer nicht enden wollenden Standing Ovation geehrt. Mit dem stark verjüngten Vorstand brach für den Verein eine neue Zeit an.

Die Saison 2008 / 2009 verlief für beide 3. Liga-Teams sehr schwierig. Die erste Mannschaft konnte sich am letzten Spieltag knapp retten, doch die zweite Mannschaft stieg mit nur drei Punkten wieder in die 4. Liga ab. Der neue Vorstand und die neu zusammengewürfelte 1. Mannschaft versuchten gemeinsam Änderungen umzusetzen, was sich als sehr schwierig erwies.

In die Saison 2009/2010 startete unsere 1. Mannschaft stark. Sie stand nach der Vorrunde auf dem guten 3. Rang, doch leider ging die Rückrunde bachab. Auch aufgrund vieler Verletzten und sehr viel Pech endete die Saison mit dem 7. Rang. Mit Blick auf die neue Saison entschied der FVBJ entschied, beide Stärkeklassen der 3. Liga zu vereinen. Dieser Entscheid erwies sich für unsere 1. Mannschaft als fatal. Der siebte Rang reichte für den Klassenerhalt nicht. Das Team entschied dennoch die neue Saison zusammen in Angriff zu nehmen. Der Teamgeist siegte so über den traurigen Abstieg. 
In den folgenden Saisons kämpfte unsere 1. Mannschaft in der 4. Liga mit durchschnittlichem Erfolg. Der Fussball hat sich geändert und auch die Einstellung der Junioren. Es erwies sich als sehr schwierig, die Junioren im Verein zu halten und eine Bindung zum Verein aufzubauen. 

In der Saison 2012/2013 geschah etwas Unerwartetes. Aus heiterem Himmel bekamen wir eine Anfrage, ob wir Interesse hätten, eine Damenmannschaft zu stellen. Das war schon lange ein Wunsch des Vorstands. Von Bethlehem kamen 12 Spielerinnen, die beim SC Holligen 94 Fussball spielen wollten. Nach einigen Gesprächen starteten unsere Frauen in der 4. Liga und beendeten die erste Saison auf dem 9 Rang.
 
Gewinner des Integrationspreises der Stadt Bern 2012
Neben dem Spielfeld machte der SC Holligen 94 im Jahr 2012 als Gewinner des Integrationspreises der Stadt Bern Schlagzeilen. Der damalige Präsident Reto Casanova reichte bei der Stadt ein starkes Bewerbungsdossier ein, welches die Behörde überzeugte. Der damalige Spikopräsident Säm Zbinden konnte von der Gemeinderätin Edith Olibet einen schönen Siegercheck entgegennehmen. Der Gewinn dieses Preises stellt für den Verein aber auch eine grosse Ehre dar und bestätigt, dass der SC Holligen 94 mehr ist als nur ein Fussballklub. Es ist ein starkes Zeichen für das Herzblut und die Arbeit, welche in unserem Verein zum Wohle der Gesellschaft und besonders zur Integration von Menschen verschiedener Kulturen geleistet wird. Dafür dankt der SC Holligen 94 der Jury und der Warlomont-Anger-Stiftung ausserordentlich.

Die Saison 2013/2014 verlief nicht völlig nach Plan. Die erste Mannschaft rettete sich knapp und unsere Damen erreichten Rang 6. Es wurde Zeit auf sportlicher Ebene Änderungen vorzunehmen. Der Verein erlebte immer wieder Höhen und Tiefen, doch das Potenzial der Mannschaften wurde nie ausgeschöpft. Es war an der Zeit, Trainer und Spieler in die Pflicht zu nehmen.

In die Saison 2014/2015 startete unsere 1. Mannschaft gut und kämpfte bis fünf Spieltagen vor Meisterschaftsende in den oberen Rängen. Leider gingen die letzten Spiele verloren, Rang 9 war das Endresultat. Positiv war, dass der Abstieg nie ein Thema war. Unsere Frauen hingegen wuchsen von Spiel zu Spiel und holten den genialen 2. Platz. Es schien, als wären die Teams wieder auf die Siegesstrasse geraten. Denn in der nachfolgenden Saison konnten endlich wieder tolle Erfolge gefeiert werden. Unsere Damen stiegen in die 3. Liga auf. Nach nur drei Meisterschaften standen sie zum ersten Mal zuoberst in der Tabelle. Auch die erste Mannschaft steigerte sich und begann wieder zu gewinnen. Das Endergebnis war der gute 6. Rang. 

2018/2019 war die bisher erfolgreichste Saison. Beide Aktivteams (1. Mannschaft und Damen) standen Ende Saison auf dem 3. Platz. Man spürte, dass der Weg, der 2015 eingeschlagen wurde, der Richtige war. Doch um das Ziel „3. Liga bei den Herren, 2. Liga bei den Damen“ zu erreichen, bedurf es noch Arbeit. In der wegen Covid-19 abgebrochenen Saison 19/20 befanden sich beide Teams im Aufstiegskampf, doch die Träume zerbrachen am abrupten Saisonende. 

Auch die Saison 2020/2021 war vom Virus geprägt. Die Damen befanden sich nach der Vorrunde auf dem ersten Rang, unsere 1. Mannschaft auf dem 4. Platz mit nur zwei Zählern Rückstand auf Rang 1. Da die Rückrunde nicht mehr gespielt, konnten Damen den Aufstieg in die 2. Liga feiern. Die Jungs des Fanionteams mussten hingegen leider wieder auf die folgende Saison setzen. Trotz der schwierigen Zeit konnten wir ein erstes Juniorinnenteam einsetzen. Unsere FF15 haben begonnen, die ersten Partien auf dem Rasen auszutragen – und dies nicht ohne Erfolg. Es war frappant und ebenso erfreulich zu sehen, welch schnelle Fortschritte die Mädchen machten. Das Juniorinnenteam ist ein wichtiger Schritt für unsere Damenabteilung. 

In der Zwischenzeit haben die Bauarbeiten neben der Steigerhubel-Anlage begonnen. 450 Wohnungen sind geplant, was für unseren Verein einen weiteren Entwicklungsschritt bedeuten dürfte. Daher haben auch erste Gespräche betreffend unsere Infrastruktur mit der Stadt begonnen. Zusätzliche Garderoben sind geplant. Und in ein paar Jahren wird wohl auch unser «Bitz» durch einen Kunstrasen ersetzt. 

Die Saison 2021/2022 brachte nicht viele News mit sich. Unsere 1. Mannschaft konnte leider die gute Vorrunde nicht ausnutzen und landete auf dem 4. Rang, die Damen konnten sich in der 2. Liga durchsetzen und holten den Klassenerhalt.

Die Saison 2022/2023 geht in die Vereinsgeschichte ein. Als einer der beiden ersten Fussballklubs des Kantons Bern wurden wir vom Schweizer Fussballverband als Swiss Quality Club zertifiziert. Das ist eine grosse Ehre für einen Quartierklub. Vorhergegangen sind viele Sitzungen, viel Arbeit und viel Engagement, insbesondere von Präsident, Spiko und Sekretärin. Gleichzeitig ist die Auszeichnung aber auch eine Verpflichtung. Wir müssen dran bleiben, damit die Zertifizierung immer wieder bestätigt wird. Sportlich durften wir insbesondere den Aufstieg der ersten Herrenmannschaft in die 3. Liga feiern. Endlich! In der stets wachsenden Frauen-/Mädchenabteilung gab es ebenfalls einiges zu feiern. Mit dem vierten Schlussrang schloss unser Damenfanionteam in der 2. Liga die Saison erfolgreich ab. Unsere neuen FF19-Juniorinnen wurden starke Dritte. Und unsere FF15-Modi standen nach Runden und acht Siegen und einem Unentschieden sogar ungeschlagen zu oberst in der Tabelle: Aufstieg in die 1. Stärkeklasse! Und schliesslich gilt es auch die zweiten Ränge unserer Senioren 30+ und 40+ lobend zu erwähnen.

Unser altes Klubhaus unter dem Weyermannshausviadukt ein paar Wochen vor seinem definitiven Ende. In dieser, zuletzt leider stark versprayten, Baracke verlebten viele unserer Ü30-Mitglieder zahlreiche erinnerungswürdige Stunden. Das Vereinslokal, welches dem ehemaligen FC TT Bern gehörte, musste nun definitiv der Neugestaltung des Europaplatzes weichen.